A SEBASI iniciou o processo de certificação no início de 2000 tendo feito a auditoria de certificação sem qualquer Não-Conformidade em 20 de Setembro desse mesmo ano.
Desde então, a SEBASI tem vindo a melhorar o seu Sistema de Gestão da Qualidade apostando, para seu suporte, numa aplicação web desenvolvida "in house".
A certificação inicial teve por base a versão da Norma NP EN ISO 9000-1: 1995. Em 2004 o sistema foi adaptado para a versão NP EN ISO 9001:2000 e no inicio de 2009 foi adaptado para a versão NP EN ISO 9001:2008.